Kuzco est un jeune empereur inca très égoïste, impoli, pleurnichard, indifférent, gâté, ignorant et capricieux. Pour ses dix-huit ans, il décide de raser un village afin de se faire construire une résidence, « Kuzcotopia ».

Après avoir renvoyé sa conseillère Yzma, il reçoit Pacha, le chef du village concerné pour lui demander son avis sur le meilleur emplacement pour sa future piscine. Yzma, avide de pouvoir, ne veut pas en rester là. Elle invite donc Kuzco à un dîner, afin de l'empoisonner et de prendre sa place à la tête de l'empire inca. Mais tout ne se passe pas comme prévu : Kuzco se retrouve transformé en lama. Elle ordonne à Kronk, son serviteur, de sortir le lama de la ville, et de le tuer. Kronk hésite à tuer Kuzco, qui se retrouve par accident sur la charrette de Pacha qui retourne à son village. Kronk le perd de vue, et cache à Yzma que Kuzco est encore en vie.

Ce n'est qu'une fois arrivé à sa maison que Pacha découvre le lama. Après avoir compris que ce lama est l'empereur transformé, Pacha tente de passer un marché : il guide Kuzco jusqu'au palais en échange de l'abandon du projet Kuzcotopia. Kuzco refuse, et repart seul, mais se retrouve rapidement perdu dans la forêt tropicale, en proie à une meute de jaguars. Pacha vient néanmoins sauver Kuzco des fauves.

L'empereur, qui sait maintenant qu'il a besoin de Pacha, accepte le marché. Alors qu'ils ne sont plus qu'a une heure de marche du palais, le pont de singe qu'ils traversent rompt, et ils doivent s'entraider pour éviter de tomber dans le cours d'eau où se trouvent des crocodiles. Le pont maintenant détruit, ils font un détour de plusieurs jours et s'arrêtent dans un restaurant.

Entretemps, en l'absence d'héritier, Yzma obtient le pouvoir. Mais elle découvre que Kuzco est encore en vie. Accompagnée par Kronk, elle se met à sa recherche. La recherche est infructueuse, et ils se rendent au même restaurant, au même moment. Yzma ne reconnait pas Kuzco. L'empereur, qui ignorait qu'elle était responsable de sa transformation, l'apprend à cette occasion.

De retour au palais, Kuzco et Pacha se rendent dans le laboratoire d'Yzma pour trouver une potion pouvant redonner une forme humaine. Yzma, arrivée avant, se présente alors à eux avec la potion et ordonne aux gardes de les arrêter pour le meurtre de l'empereur. Une course poursuite s'ensuit, au cours de laquelle Yzma se retrouve transformée en chat, et Kuzco retrouve sa forme humaine.

Kuzco retrouve sa place d'empereur et, devenu plus raisonnable, fait construire une petite maison sur une colline voisine de celle de Pacha.